1989年4月19日，荆门市人民政府、中国民用飞机开发公司、原航空航天工业部宏图飞机制造厂和航空航天工业部六〇五研究所签订了《关于建立“荆门联合通用航空公司”的合同书》；10月4日，原航空航天工业部发文（航改〔1989〕1562号）同意成立荆门联合通用航空公司（荆门通航最早名称）。11月30日，中国民航局广州管理局发文（穗管局专发〔1989〕027号）同意筹建荆门通航；12月5日，中国民航局发文（民航通筹字第02号）同意筹建荆门通航。
1990年7月2日，公司取得荆门市工商行政管理局颁发《企业法人营业执照》（荆市工商企注册号18011412-72/2），荆门通航正式成立，经济性质为全民所有制企业，注册资本304万元。三家股东单位为原宏图飞机制造厂（后于2005年将相关权益转给荆门宏图特种飞行器制造有限公司）、中国民用飞机开发公司、荆门市交通运输局（后于2012年将相关权益转让给荆门联合航空公司）。
1992年2月18日，公司取得中国民航广州管理局颁发的中国民航局通用航空许可证（民航通证字第01号）,12月2日，公司进行资产评估，注册资本增至1900万元。
2006年7月1日，国家农业部和湖北省人民政府共同出资建设湖北省荆门农用航空服务站项目，购买2架运五飞机及配套设施设备投入荆门通航；2008年3月15日，湖北省荆门农用航空服务站以飞机及相关资产入股公司，成为公司第四家股东。
2012年6月26日，荆门通航完成公司制改制，更名为现用名“荆门通用航空有限责任公司”，进行资产评估后注册资本增至2020万元。
2013年12月31日，中航通用飞机有限责任公司旗下珠海中航通用航空有限公司完成对原股东荆门宏图特种飞行器制造公司持有公司的股权收购，成为公司新股东。
2014年1月14日，荆门通航新一届股东会会议在荆门召开，同意珠海中航通用航空有限公司以现金2980万元对公司进行增资扩股，成为公司控股股东，公司注册资本增至5000万元。荆门通航成为中国航空工业集团通用航空产业体系的重要组成部分。
公司将积极抢抓国家和集团大力发展通用航空战略机遇，努力践行航空工业通飞“传播航空文化，实现飞行梦想，引领中国通用航空产业发展”战略使命，主动融入国家“长江经济带”建设、湖北省发展临空经济和通用航空产业、荆门市政府和航空工业通飞建设爱飞客镇潮流，借国家及当地政府的政策优势、资金优势和航空工业集团的品牌优势、人才优势，通过不断加大机队规模和运营能力建设，集聚人才，强化管理，创新商业模式，持续提升核心竞争力，对内服务于荆门、武汉航空产业园和爱飞客航空综合体，对外向四周巩固农林航空市场，拓展工业航空市场，沿长江经济带开展航空旅游、短途运输、应急救援等新兴业务，适时开展技术支持服务，建设中南地区通用航空适航维修基地，致力于成为中南地区领先、国内知名的专业通用航空运营商。
